С началом Великой Отечественной войны все сотрудники в обязательном порядке посещали занятия по противовоздушной обороне. По институту было установлено круглосуточное дежурство из числа сотрудников института. С 29 июля 1941 года в институте стали сокращать должности. Некоторые сотрудники были переведены на работу в Облоно.
1 декабря 1941 года Вологодский институт усовершенствования учителей был ликвидирован. Несмотря на тяжелое положение в войне в 1942 году деятельность института была возобновлена. Первая запись в приказах директора института по личному составу датируется 15 мая. Был набран штат сотрудников (методист по русскому языку – Зинаида Николаевна Воскресенская, методист по детским домам – Августа Александровна Левинская, библиотекарь – Глафира Григорьевна Ратинская, методист по иностранным языкам – Мария Владимировна Андриевская, методист по педагогике – Ольга Андреевна Хирки, методист по географии – Парасковья Павловна Полиектова, методист по истории – Наталия Владимировна Андриевская, методист по биологии – Анна Васильевна Петровская).Сотрудники института оказывали методическую помощь преподавателям и директорам школ.
С 1943 года началась активная работа института. Институт выступает организатором многочисленных совещаний, семинаров по предметам. Методисты посещают районы для изучения опыта работы педагогов, проверяют организацию методической работы, принимают участие в проведении весенних проверочных испытаний, в комиссиях по приему экзаменов у выпускников школ.
